迷茫

每天打开email的时候看到很多新闻想要细究，FierceBiotech, Endpoints News, ……，可是没有时间，通常扫一眼标题就丢进了垃圾箱。常常感受到这是一个生物技术日新月异的时代，火山喷发一样的癌症新药、基因编辑技术、早期检测、……有很多我想静下心来认真学习跟踪的新知识，可惜“工作太忙”，总是要先保住糊口的饭碗，才有“闲情逸致”去做其他的事情。时间都用在计算P value这种细枝末节的问题上，失去了追逐时代潮流的资本。我记得在微信上看到过一篇文章引用罗素的话，大意是说人类需要悠闲的时光才能做出创造性的工作，体会到生的乐趣。我心说，不愧是贵族的高见！我现在越来越深切的感受到一份拿工资的工作对自己的束缚。可是内心很矛盾，一方面看到隔段时间发到Calico-Reading上的文章，纳闷CEO怎么有时间读这么多东西？也许我只是太懒，做不到像别人一样勤奋。另一方面，也很忐忑，不知道如果失去了工作所要求的被动学习，我真的能做到自己想象的那样主动勤奋吗？真到了不需要工作的那一天也许大把的时间只是用来看网文。

以前在FDA的时候总是抱怨太悠闲，人都散架了。那时候从来没有像现在这样对工作充满了矛盾的心理，只是觉得三十几岁就过着一眼望到了退休的日子，太缺乏挑战了。可是到了工业界，工作倒是有了挑战，生活却再也不悠闲了，没有了生的乐趣，每天花很多精力把自己戳直了坐在电脑前，一遍一遍的告诉自己静下心来认真工作。这样的日子也觉得是一种浪费，把自己的热情和时间交出去，换回来糊口的工资单，一点都不值得。理智上，我告诉自己工业化对人类进步的功不可没。没有大规模的协同合作，iphone, internet, new drugs/health care, …… 我们生活的方方面面都会很不同。但是我的个性却不喜欢工业界的束缚和各种其他的问题，我只能安慰自己，如果没有现在的工作压力也不会爆发出争取自由的动力，所以工业界的工作经历带来的影响是好还是坏，现在下结论还为时过早。也许祸兮福所倚，福兮祸所伏，应该对现阶段的挣扎更多一点平心静气。

新工作第三周

A picture is worth a thousand words. Two pictures must be worth two thousand words then.

上班三周，我觉得自己和照片里的花一个状态。第一天兴奋期待的心情就像含苞欲放的玫瑰一样，三周下来已经枯黄的要散架了。这三周读的paper恨不得比我去年一年读的paper都多！而且更加要吐槽的是，这一堆paper里只有一篇是统计相关的，其他的paper从生化、生理、脑结构、病理、......等生物相关的各个层面，到PRO、health index等clinial trial endpoints, 再到medical imaging、甚至physics这些扯了八丈远，生物也好、统计也好都不相关的东西。直看的我天昏地暗，只有出的气，没有进的气了。这是我毕业以来的五份工作里最充分利用了生物学知识的一份工作，简直要搜肠刮肚把三羧酸循环的生化图都画出来了。看这里面一篇paper花的时间够我以前看10篇clinical trial paper了，更可悲的是好些paper看过第三遍才觉得自己有点儿看懂了，真是欲哭无泪......

但是看到第三遍的时候我开始感谢S这么高标准的要求了，也感谢20年前的生物课，没有这两个必要条件我可能一直都会徘徊在一个statistician的水平在做clinical trial，现在我觉得自己在迷雾中开始窥见drug discovery ---> drug development的路径了。这正是我申请这份工作时的所求！所以，以后少抱怨，老板让干啥就干啥。千万不要再犯在FDA时的错误，离开了才后悔当初没有用心学习，白白浪费了大好机会。

The 2nd day at Calico

上班第二天了，感触良多。网上的励志贴总是教人“get out of your comfortable zone”，换到Calico觉得这里比原来的地方comfortable，更加research oriented, 同事的knowledge background更多样化，很多很聪明的人，一天听了两个talk，一个讲脑损伤的生理，一个讲P value，两个talk听得懂的部分占的比例居然差不多，这又让人very uncomfortable. 应该说Calico是一个comfortable place with good challenge. 古人说孩子三岁看大、七岁看老，希望新工作第二天的感想能保持两年。来Calico之前我对自己给talk的能力非常自得，听完P value那个talk之后觉得重新回到了Hopkins，认识到自己要夹着尾巴做人了。

随便写点啥

又辞职了，3年之内第二次。辞职的感觉很爽，终于不用再挖煤了。上一份工作做下来让我觉得自己和煤黑子没有什么本质差别，他们出苦力换血汗钱，得尘肺；我也是出苦力换血汗钱，得的什么病就不知道了，也许是眼睛坏了，也许是血压高了，也许是神经衰弱了，也许是心脏早衰了...... 换工作的时候平心静气的问自己，如果我已经实现财务自由了，还想工作吗？如果还想工作，那要做一份什么样的工作？即使现在财务没有自由，我能不能找到，并且接受一份财务自由以后还想做的工作？签下Calico offer的时候觉得这是一份即使财务自由以后我还是会想做的工作。这就够了。也许开始工作之后会发现真实情况和自己的预期不一样，但是至少目前来看这是一份我想要去做的工作。

ASH 2017

ASH象一个巨大的名利场。clinical trial session熙熙攘攘，各种闪光灯的咔嚓声从头响到尾，还要费心安排托提问。去了一个基础研究的session，离开生物学太久了，跟不上talk的节奏，对数据的敏感度也很差，看见mutation heatmap完全抓不住重点，不像看见PFS curve那么一目了然。

Reg的intelligence summary很棒，总是能看到我看不到的东西。这个职位提供给我学习的机会，但是造成的损伤也很大，这种trade off值得吗？草根的成长是艰难的，我身边能看到的人都在勤奋努力，尤其是身在高位的。没有谁能悠闲地上升，不管是能力上的上升，还是职位上的上升。但是我觉得自己象身处一群推动车轮的蚂蚁之中，即敬佩周围人的勤奋努力，又为这种生存环境悲哀。这份工作常常让我想起卓别林的摩登时代，每当我困苦挣扎的时候都觉得自己是在齿轮的夹缝中生存，推动它，更被它所碾压。

行走在各大公司的booth之间，我象是回到了冈比亚，又有了被玻璃罩子罩起来的感觉，周围的一切离我那么遥远。越来越鲜明的感觉到自己不适合这里，何去何从？等待神早点给我答案。

想念以前名利场外的同事。我象一条游进海里的淡水鱼，还有回到湖泊的那一天吗？

犯了个错误，希望不要有严重后果。反省了最近的浮躁心理，认识到要顺着自己的本性而来，哪怕认识到世界有愚民（动词）的秩序，但是不再强求改变自己去挑战这种秩序。

希望有一天再回来开ASH，不是作为pharmaceutical industry employee，而是作为独立的圈外人，想看看那时侯我是不是会有不同的感受。

Do you want to travel far? Or do you want your ideas to travel far?

这次去Gambia有一个microarray project，两年没碰micorarray data了，感觉好亲切。那儿的一个Ph.D.学生向我请教Affymetrix normalization的问题，用到RMA，他还提到Rafa的名字。我兴奋地告诉他，Rafa太熟了，整天跑我隔壁的办公室找零食吃。And my roommate is one of the contributors to Bioconductor！他惊讶极了。张大了嘴巴，好象他和爱因斯坦的距离一下子由转10个人才能连上缩短到了只隔一个人一样。

当大家羡慕我周游世界的时候，你们的ideas旅行到了比我所能到达的更远的地方。那应该是更加令人喜悦的吧！:)

一个人的蜕变

Dear All

British Nepal Medical Trust is a charity who work with the poorest in Nepal to improve their health and health access. They conducted a baseline survey of health and socio-economic circumstances a few years ago. They would now like to conduct a follow up study. They require a person with design and statistical skills to advise them with this. They do not have money to pay the person but it would almost certainly involve a paid trip to the field in Nepal. If you are interested please contact Dr XXX who is copied in to this message.

This message expires in 7 days

Andy

我很想去Nepal，可是我对conduct a survey of health and socio-economic circumstances已经完全不感兴趣了。我不能昧着良心只为了这个旅行的机会而take this offer，所以还是放弃了。两年了，人就是这么蜕变的。

我回来啦！

按照蜡笔小新的说法应该是“你回来啦！”:)))))))))))))一回来就赶紧来check blog，看见这么多comments，都快美死了。阿姆斯特丹的游记没有，只有一件还算好玩儿的事可以拿来show off一下。

我被安排在了最后一天的最后一个session给最后一个talk，简直跟中了六合彩一样。这还不算，你说我一个作统计的被安排在immunology and biology of malaria session里，这不是成心为难我吗？！这个session里一共有六个talk，贴俩题目出来看看大家知不知道是说啥的。

Plasmodium falciparum infection causes pro-inflammatory priming of human Toll-like receptor responses

Mannose binding lection deficiency and severe malaria

我要讲的是mixture model for analysis of immune responses in epidemiological studies。除了title里有一个词immune还算和这个session沾边以外，压根儿就跟biology没关系吗？！就算conference science committee里的人allocate talks by random permutation，把我划归到immunology and biology of malaria里的可能性也太小了呀！

我使劲反省了一下，从我上小学开始到收到abstract accepted notice为止，我不记得我认识这次conference science committee 里的什么人呀？更别说得罪了谁了？这是谁给我穿这样的小鞋呀？！小心本天使怒了，跑上帝那儿给你们这些老头子告状去！可是找不着是谁害了我，也只能一个人生闷气。

既然拿science committee没啥办法，只好自己想辄了。于是就有了这个我自己洋洋得意的open remark.

Thank you very much for staying until the very last minute of the last session of this lengthy 5-day conference. It is an honor to me to have this chance to present this work here, especially at this session! I think this talk will be either very refreshing or very confusing. When I got the message from conference secretary telling me that my talk is allocated to the session of immunology and biology of malaria, I was a little surprised and worried, cause this talk has nothing to do with biology, it is about statistical method to analyze immunological data. After listening to the previous talks, I feel like I am a martin landed on earth. I am totally lost. I think my talk might have the same effect on you. However, I will try as best as I can to keep the talk refreshing but not confusing. And my fellow speaker consolidated me that “at the end of the conference, people are expecting fireworks. So don’t worry about your talk.” Now it is even better. You don’t get fireworks, instead, you get a martin. Before this lost martin find the way out of this room, let’s go through some news clips from Mars.

……………… (the talk)

After the talk, the chair asked, “any questions?”

Silent……

Good! I must have done a great job confusing people on earth, so no question. Actually, it is a pity, I have another joke waiting for the first audience who dare to challenge me.

“Before you ask the question, can I have my last word? I find people on earth have been very friendly so far. So please keep this good tradition. Be kind and no hard question. Otherwise, I will be heart-broken and never come back again!”

写blog惯出来的贫嘴的毛病都带到conference去了......

罢工的结果

折腾了半天，终于给了个说法。从这个月起，俺每月的工资涨了50英镑。好多钱呀！

YES, I AM GOING!!!

Dear Marie-Louise

Following our discussions, I can now confirm that Dongmei can come out to the Africa Centre for a month, as you requested. She would prefer to come in September. She could possiblly make November, but September would be her much greater preference. I am copying her on the email so that you may liase directly.

.......

Best wishes

Shabbar

Prototype vapour detection instrument

TBees ......

An innovative prototype olfactory sensing platform has been developed that incorporates honey bees in a ‘vapour detection instrument’. Each bee is mounted in a holder with its antennae and mouthparts free. Bees may be restrained in their holder for several days.

Bees are ‘trained’ to associate the odour of interest with a food reward using sugar coated cotton buds. (Pavlovian conditioning). The process takes a few minutes. Once trained, bees show a conditioned tongue (proboscis) extension reflex when they encounter the learnt odour.

Insects are also being trained ......

Honey bees (Apis Mellifera) offer exquisitely sensitive olfactory detection combined with low-cost maintenance. They are ubiquitous in temperate and tropical climates.One hive can contain around 60,000 bees, offering a vast quantity of individual sensor units.

Giant African Pouch Rats can sniff TB

6-8 weeks of training
Blind test of sputum 1 rat 73%; 2 rats 86.5%
819 samples in under five hours

Smell TB

Historical evidence:

Caelius Aurelius (Roman physician 130 B.C.)

“Many subject the purulent sputa to diagnostic tests they place the
phlegm over hot coals and note its odor when it has burned; for a foul
odor always characterizes the product of physical decomposition.”

Hippocrates (Greek physician 460-410 BC)

“In persons affected with phthisis, if the sputa which they cough up
have a heavy smell when poured upon coals,
and if the hairs of the head fall off, the case will prove fatal.”

Traditional Chinese healers diagnosed TB by smelling the
patient's saliva as it evaporates over a flame.

The Dutch word for tuberculosis is tering, which translates
roughly as ‘the process of developing the smell of tar’.

罢工

学校今天罢工。

昨天开会的时候大家就在互相询问“明天你来上班吗？”绝大多数人都说不来。老板昨天下班的时候还特意跑来跟我说“I am going to work from home tomorrow.”今天我还是来了。特意起得很晚，还在家里吃了早饭，磨磨蹭蹭到学校的时候已经快12点了。学校的门口站了工会的几个人，每人兜里揣了一打传单。我走到门口的时候，工会里的那几个人里有一个是认识我的，“Dongmei, we are on a strike today. We don't forbid people to come to work, but we don't want to see you entering the building. Didn't Craig (my officemate) tell you about the strike?”我立刻觉得很尴尬。这是我第一次经历罢工，没有想到过罢工在英国是如此严肃的一件事。当我站在学校的门口被同事这样质问的时候，觉得自己象个叛徒。

这让我想起以前在美国看的一部英国电影《Billy Elliot》。Billy的父亲是一个矿工，他为了给Billy准备去伦敦参加考试的路费在矿井罢工的时候仍然去上班，被他的矿友误解。当他越过隔离线的时候被人骂做叛徒，坐在班车上的时候被人扔臭鸡蛋。没有人需要我今天一定要来上班，可是我还是来了。并不是我不赞同罢工，而是我从没想到过在这里罢工是要动真格的。这次罢工是因为学校的academic staff要求涨工资，而且学校的确新近拿到一笔经费是teaching fund，可是不想拿来给大家涨工资，工会和校方没能达成妥协，于是决定罢工。我当然是想涨工资的，而且说老实话，英国的academic staff的工资的确是有些低，这个罢工的理由也合情合理。但但但但但但是，我真的不知道罢工是这么当真的一件事。我一个人现在坐在空空当当的楼里面，想到明天我的同事们来问我今天来上班的感受时的情形，真希望明天永远也不要到来的好！:(((((((((((((((((((((((((

There are so much to learn when you move to a new country! You never know what could happen in a new day!

Something I learned today

Alexander the great was dead of malaria!

各有所长

来LSHTM有半年了。觉得这半年的时间象树木的嫁接一样，从最初的很不适应，到渐渐对这里有了归属感。

初到LSHTM的时候不大感冒这里的统计水平，用老叶的话来说就是一天到晚在画大表，偶尔做个poisson regression on survival data就算是顶复杂的活了。虽然初来的时候有很多东西不懂，但是在具体的data analysis上却不会怯场。那时候很担心自己在Hopkins学的那些东西老是不用就都忘了(当然，这担心到现在还一直都有)。后来放松了紧绷绷的精神，慢慢体会LSHTM的好处，半年以后的今天我想起了在Hopkins的时候去听的一个seminar。那个seminar是一个耶鲁医学院的学生(黑人)在非洲拍的一个短片。忘记在哪个国家拍的了，an English speaking country，片子是讲他在那里对艾滋病做的调查。那时候很佩服耶鲁的那个学生，觉得他真有勇气，也很有独特的想法和能力。也还记得当时其他的Hopkins students在seminar之后的提问和讨论，显然他的短片非常impressive。在LSHTM呆了这段时间之后，可以很肯定地说，LSHTM的学生如果看了那个短片一定不会象当年的我一样对那位耶鲁的老兄那么崇拜。因为如果他们有同样的设备、资金，拍那样的一个短片实在是微不足道的一件事。而这里之所以没有，也不会有，这样的一个seminar，是因为大家觉得做这样一件事就跟我们费半天劲用html+php+R做个friendly interface算two groups T-test一样。

Hopkins和LSHTM两个学校各有所长。但愿我在经历了嫁接最初那段不很舒服的适应阶段以后，能够取两家之所长，俱为己用吧！

Trip to Ghana (12)

16 Oct. 2005 Accra -----> London

我们从加纳回伦敦的飞机是晚上9点的，所以在Accra有一整天的时间。Anna告诉我说离我们住的旅馆不到10分钟步行距离的地方有一个卖纪念品的市场，如果我没有什么别的安排的话，我们可以从旅馆Check out之后去那里逛逛。我一听大喜过望。非洲对于我来说有两点是最吸引人的，一是这里的野生动物，我原本是学生态的，上大学的时候就梦想着要去非洲作animal behavior research，后来虽然转行了，可是对野生动物的热爱初衷不改；第二就是非洲的文化，非洲有古老的历史，文化也极有特色。我来加纳之前就盼着能有机会让我去多看看这里的风土人情，如果有机会一定要带些纪念品回伦敦。可是这次出差行程安排地满满当当，有机会逛街的时候又都是在偏远的地区，压根儿就没见到过纪念品的影子，倒是满眼都是made in China。这会儿Anna说要去逛街，怎么能不让我兴奋？！

我们从旅馆Check out的时候我又换了30英镑，是48万CD。Anna一听我为逛街换了这么多钱，惊讶地下巴都要掉了，说30英镑可以拉一车纪念品回来了。这让我想起了<<红楼梦>>里，探春央求宝玉出门时给她带些整竹根抠成的小碗儿，泥垛的炉灶，......宝玉说不值什么，给小厮们一吊钱，管保拉一车回来。这下儿我听Anna这么一说，可是心里面乐开了花，决定一定要去拉一车回来。于是我们俩个兴冲冲地就朝market出发了。

进market之前Anna提醒我说，在这里买东西不要心急，慢慢地讨价还价，她通常以出价三分之一的价钱就能买下一件商品。我一听，这下儿可歇菜了，我最不擅长的就是bargain。通常都是需要的东西多贵也买，没兴趣的多便宜也不要，几乎没在市场里练过嘴皮子。今儿个看来是要被人狠宰了。于是我抱着准备好了去牺牲的精神踏进了市场。这个market就是一个在路边搭起来的一排简易的棚子，但是因为离几家星级hotel比较近，占了有利地势，来这里的老外很多，所以越来越兴隆，规模也慢慢扩大，在这附近是很有名气的。进到市场之后，就看见满眼里都是各种木雕、贝壳贴的版画、锡制的小动物、竹子的乐器、牛羊皮的背包、beads串成的各种首饰、...... 真是玲琅满目，令人目不暇接！我进了这样一个market简直就像阿里巴巴进了四十大盗的山洞一样，见什么想拿什么，拿起这个来，又觉得那个好，换了那一个又舍不得丢了这一个，......这下心想，幸好换了30镑钱，要不然肯定不够花的；接着又一想，幸好只换了30镑钱，要不然就是换了100镑也都会花在这儿，拉了三大车回去，怎么回伦敦呀？！：)

Anyway，摩拳擦掌地开始shopping。第一个选中的是两个面具，黑呼呼的，很原始的线条，准备送一个给Brian。他那么爱halloween party，这个面具他一定用得上的，硬着头皮跟人讨价还价，最后以每个面具2英镑的价钱成交了。Anna庆祝我做成了第一笔交易，offer了她的那个大口袋给我装买下来的纪念品。作成了第一笔买卖之后，我立刻喜欢上了这里的气氛。这儿的卖主几乎都是这些纪念品的制作者，他们给出价格的时候一点push买主的意思也没有，很有些你喜欢就买，不喜欢自然有别的识货的人来。但是也给买主很大的空间压价，东西卖出去了他们也很高兴。我喜欢这样的气氛，一点不让人觉得自己讨价还价是在robbing，心里知道他们既然肯卖，那就一定是不亏的。把这些东西卖给我这样一个好说话的人，他们一定也省了不少力气。而我把价钱换算成英镑以后又觉得太值了，哪怕不讨价还价也亏不了。没有了bargain的压力，完全开始以一种enjoy the game的心态在这里逛市场可太爽了。就这样我们在market里逛了两个多小时，我把48万CD花得只剩下8万CD了。Anna提醒我说买了这么多东西，我的行李箱一定是装不下的了，把剩下的钱留下来去买个编织袋吧。我一想她说的有道理，于是赶紧打住。我们俩个人叮呤咣啷地拎着我的大包小包往回走。回到旅馆之后委托旅馆的人去帮我买一个编织袋。没想到竟花了10英镑！太宰人了吧！但是没有办法，不把这些东西理好上不了飞机，知道自己被宰也只好任由他们去了。更加可恨的是，编织袋拿回来一看还是made in China的。真想跟旅馆的人说这样一个破袋子在中国10块钱人民币我都不要！在加纳竟然要卖到10英镑？！可是我不想让这个破袋子毁了我一天shopping的好心情，于是告诉自己不要去算这笔冤枉帐了。又被旅馆宰了一回！我在加纳的经历99%都很愉快，唯独旅馆总是让我很不爽！太可恶了，旅馆真是顶顶黑的奸商！

还记得要交代西厢关于鳄鱼的疑问。我在market里逛皮货的时候看到一个手包是用一条完整的baby鳄鱼做成的。小鳄鱼的头和尾巴都还留在包上，只是掏空了内脏，留下鳄鱼皮。我去Paga看野生鳄鱼的时候很为那只做诱饵的鸡可怜，可是那时候没有想到过鳄鱼会有比鸡更悲惨的命运。如果让我在两者之间选择的话，我宁愿作那只鸡，而不是鳄鱼。也在市场里见到有象牙制品，好在象牙的制品不是很多，只是偶有所见。想来也许对大象的捕杀在非洲已经有比较好的控制了吧。

Trip to Ghana (11)

15 Oct. 2005 Kintampo -----> Accra

我和Anna出发去Accra。因为Margaret & Christine's advisor，Daniel，正好今天从伦敦飞来Accra，明天赶来Kintampo，所以Kintampo health research center决定派一辆车去接Daniel。我和Anna决定搭顺路车去Accra。一整天都在路上开车，无事可记。唯一值得写的一点东西是Anna和司机在路上的对话。Anna曾经在卡迈隆的野生动物园工作过三年半，对非洲的灵长类以及蛇类是很熟悉的。她和司机两个人一路就在聊他们各自和毒蛇打交到的经历，听得我毛骨悚然。搞不懂这两个神人是怎么一次又一次幸运地从毒蛇的牙齿下溜掉的，如果不是他们两个吹牛的话，就是我一定遇到了小概率事件。这种情况的P Value < 0.000001 我都是信的。Anna酷爱野生动物，6月份的时候刚刚把头发剃光了给她在卡迈隆工作过的野生动物园征集捐款。我第一次见到她时已经是8月了，那时她的头发已经长得很有型了，如果不说，是看不出来那是从光头长起来的，上了路我才知道。Anna得意地跟我说，她最后共征集到1680英镑的捐款，看来还是有很多人想看到她光头的样子的。：)